Từ ngày 1 tháng 6, quốc gia này dùng quốc kỳ nền vàng, với 3 sọc xanh vắt ngang ở giữa. Ý nghĩa của lá cờ là tượng trưng ba con sông: Đồng Nai, Tiền Giang và Hậu Giang trên đất Nam Kỳ.[21] Dư luận bấy giờ không ưa lá cờ này vì cho rằng màu sắc không hợp nhãn quan nên biếm gọi là "cờ sốt rét".[22]

Lá cờ này tồn tại được 2 năm cho đến khi chính quyền Cộng hòa tự trị Nam Kỳ giải thể và sáp nhập vào Quốc gia Việt Nam do cựu hoàng Bảo Đại đứng đầu ngày 2 tháng 6 năm 1948.

Về quốc ca, bản nhạc này lấy tám câu đầu của Chinh phụ ngâm làm lời ca, bị công luận cười chê vì nội dung lấy lời than khóc của một người vợ nhớ chồng mà lại đem làm lời ca.[23] Tác giả của bài này là Võ Văn Lúa.[24]